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En manchette

L'actualité du CEF en profondeur


26 juillet 2016

L'enzyme Cas9 est guidée au site de coupure de
l'ADN par un ARN guide (sgRNA) (Nødvig et al., 2015)

Apprendre CRISPR-Cas9 dans le laboratoire du Pr. Uffe Hasbro Mortensen, DTU Kongens Lyngby, Danemark
Texte et photo par Martha Nigg
Le laboratoire du Pr. Uffe Hasbro Mortensen se situe au sein de l’Université Technique du Danemark (DTU) au nord de Copenhague. Ce laboratoire réuni des doctorants, des post-doctorants et des chercheurs assistants qui étudient les processus de production des métabolites secondaires et produits naturels d’intérêt pharmaceutique par les champignons. Ces dernières années, le groupe de recherche a investi beaucoup d’énergie dans l’application du système d’édition génétique CRISPR-Cas9 chez les champignons filamenteux des genres Aspergillus et Penicillium. Ayant acquis une expérience et une renommée notable dans ce domaine, ils sont devenus une référence dans le domaine de la manipulation génétique chez les champignons.

Dans le cadre de mon projet de doctorat portant sur le champignon responsable de la maladie hollandaise de l’orme, je cherche à obtenir des souches de champignon mutées au niveau de certains gènes. Pour ce faire, nous avons besoin d’une méthode simple et précise. La méthode CRISPR-Cas9 a fait ses preuves sur une vaste gamme d’organismes, autant chez les mammifères, les champignons que chez les bactéries. Ainsi, le choix de faire un stage pour apprendre et appliquer cette technique allait de soi.


Kongens Nytorv, Copenhague

J’ai donc passé 4 mois au sein de ce laboratoire. Bien que l’optimisation de cette technique pour l’appliquer à Ophiostoma novo-ulmi ne soit pas encore terminée, je suis très satisfaite de mon séjour au Danemark. J’y ai appris plus que je ne pouvais l’envisager et j’ai acquis de nouvelles compétences. De plus, mon expérience de vie au Danemark a été très enrichissante d’un point de vue personnel.

Copenhague est une ville magnifique où il fait bon vivre et étudier.

Je remercie le CEF et mon directeur de recherche, Louis Bernier, pour m’avoir permis de réaliser cette expérience riche qui, j’en suis sûre, aura marquée un moment important de ma thèse et pourra je l’espère porter ses fruits lors mes futures expériences.


26 juillet 2016

Journées Jean Chevaugeon 2016 à Aussois : une conférence où chacun y trouve son compte
Texte et photos par Martha Nigg
Dans le petit village alpin d’Aussois, plus de 150 chercheurs français (étudiants, chercheurs et professionnels confondus) se sont retrouvés du 25 au 29 janvier 2016 pour les rencontres biannuelles de la section « mycologie » de la Société française de Phytopathologie. Au programme, un survol complet de tous les sujets de recherche menés en France : génétique des populations, évolutions, écologie, taxonomie, épidémiologique, génomique et interactions moléculaires. Des invités de renom se sont ajoutés à la liste des participants : Daniel Croll, Paola Bonfante, David Makowski, Pietro Spanu et Joseph Spatafora. Pendant 4 jours, les participants assistaient à des conférences toute la matinée puis en soirée. L’après-midi, du temps libre était accordé afin de pouvoir jouir du beau paysage, de respirer le bon air frais et de faire quelques descentes de ski pour les plus motivés. L’ambiance était conviviale, surtout autour des repas et soirées dansantes. Le partage des connaissances, le mélange des discipline et l’accessibilité des chercheurs en font une conférence où chacun y trouve son compte.

J’y étais probablement l’unique participante non liée au système de recherche française. Cependant, j’ai eu l’occasion d’y présenter mes résultats de thèse lors de la session de génomique et de rencontrer plusieurs personnes enthousiastes.

Chaque présentation a été immortalisée grâce aux talents artistiques de la chercheuse Mélanie Roy. Ainsi, les souvenirs n’en sont que plus originaux. Je remercie le CEF et mon directeur de recherche, Louis Bernier, pour m’avoir permis de vivre cette belle expérience scientifique !


21 juillet 2016

Culture locale, paysages bucoliques et étude des traits à la 6e école d'été «Plant Functional Traits»
Texte et photo par Alison Munson
La sixième édition de l’école d’été «Plant Functional Traits»  s’est déroulée dans la ville universitaire de Ceske Budejovice, au sud de Prague, dans un paysage bucolique de prairies et de boisés me rappelant la région de Charlevoix (sans le fleuve). Les 28 étudiants venaient de tous les horizons européens (8 pays), d’Australie et bien sûr du Québec. Nous avions recruté 8 étudiants du Québec, venant du CEF et du CSBQ, pour compléter le groupe. L’équipe habituelle (de Bello, Garnier, Munson, Posada et Shipley) a été très bien appuyée par le groupe local en écologie végétale, incluant les cours très intéressants de Jitka Klimesova, Carlos Carmona, Lars Gotzenberger, Pierre Liancourt et Vitek Latzel. Un point fort de l’école d’été a été le cours de Jan Lepps, sur les résultats à long terme provenant de son site de prairie humide. Par la suite, quatre équipes d’étudiants ont travaillé sur ce site. Leurs travaux incluaient l’étude de traits clonaux et racinaires, de traits physiologiques et d’assemblage des communautés. Les laboratoires ont été pleins à craquer nuit et jour pendant 48 heures pour terminer des mesures et des analyses de données, avant les excellentes présentations des étudiants qui avaient lieu la dernière journée. Nous avons pu goûter à la culture locale grâce à la musique (groupes de Jan et de Francesco, incluant toute une gang d’écologistes), la bière (bien sûr dans la ville natale de la Budweiser) et la nourriture substantielle des pubs. Les «élèves» sont partis de bonne humeur avec la tête bien remplie après une semaine dense en découvertes et en discussions. À l’année prochaine, on se déplace en Europe (restez au courant en visitant notre page )! Merci au CSBQ et au CEF pour le soutient financier.


20 juillet 2016

Wood QC 2016, Une première au Québec
Texte et photos par Audrey Lemay et Vincent Gauthray-Guyénet
Du 12 au 17 juin 2016, se tenait à Québec et à Baie-St-Paul, la conférence Wood QC 2016 – Modelling Wood Quality, Supply and Value Chain Networks, regroupant les sections IUFRO 5.01.04 et 3.02.04. Organisée par l’Université Laval, le Centre canadien sur la fibre de bois et FPInnovations, la conférence regroupait des scientifiques d’une quinzaine de pays pour partager des connaissances, expertises et innovations dans les domaines de la modélisation de la qualité du bois, de l'approvisionnement en bois et de l'optimisation du réseau de la chaîne de valeur. Les échanges riches durant toute la conférence ont permis de mettre en relation deux visages de la foresterie : l’un plus tourné vers l’industrie et ses débouchées, l’autre plus axé sur la recherche. Les discussions ont été l’occasion d’exposer les besoins de chacun et de définir quelques pistes pour travailler encore plus efficacement ensemble. Deux étudiants au doctorat, Audrey et Vincent, témoignent de leur expérience.

Audrey : Durant toute la semaine, j’ai pu assister à une foule de présentations captivantes, j’ai rencontré et discuté avec des gens intéressants et profité d’une belle ambiance dans le décor enchanteur de Charlevoix. J’y ai également présenté certains des résultats de mon projet de doctorat lors d’une présentation orale et dans le cadre de la session d’affiches. Merci au CEF, à ma directrice Cornelia Krause et à mon codirecteur Alexis Achim qui m’ont permis de vivre cette expérience très enrichissante.

Vincent : Cette semaine riche en échanges m’a donné l’occasion de voir des intervenants venant de nombreux endroits dans le monde présenter les enjeux forestiers de leur pays. Elle aura également été pour moi l’occasion de renouer avec certains contacts et d’en rencontrer des nouveaux. J’y ai présenté une affiche faisant état d’une partie des résultats de mon projet de doctorat mené à l’UQAR sous la direction du Professeur Robert Schneider et sous la codirection du Professeur Alexis Achim (Université Laval). Je remercie le CEF et Robert Schneider pour m’avoir donné l’occasion de participer à ce colloque enrichissant et passionnant.


5 avril 2016

Maya Mountain Research Farm

Un cours intensif en permaculture sur l'un des plus vieux sites sous cette régie en Amérique centrale
Texte et photos par Jonathan Pedneau
La permaculture est un terme ésotérique pour certain et une solution pour d’autres. Elle est publicisée sous différentes coutures, mais le concept a été créé par David Holmgren et Bill Mollison. Le terme est une combinaison des mots permanent et agriculture. Cependant sa portée, selon les fondateurs, est plus large puisqu'elle repose sur trois sens éthiques : prendre soin de la terre, prendre soin de l’humain et partager équitablement les biens et les surplus. Grosso modo, c’est une approche holistique basée sur différents principes unifiant la production agricole, l’habitation, la vie communautaire et la protection de l’environnement.


Cacao

Le cours de design en permaculture, 11th Annual Permaculture Design Course, s'est déroulé à la Maya Mountain Research Farm  (MMRF), en amont du village de San Pedro Columbia au Bélize. Ce site était idéal pour un cours puisqu'il permet d’observer plusieurs systèmes agroforestiers à divers stades d’implantation. Il est aussi l’un des plus vieux sites de permaculture en Amérique centrale avec 26 ans d’existence. La diversité des espèces utilisées est impressionnante et permet de faire le tour de la majorité des espèces citées dans la littérature tout en apprenant leurs différentes fonctions dans les systèmes présentés. Nous avons pu observer des espèces utilisées tant pour la production ligneuse que pour la production de fibres, alimentaire et de fourrage. Dans la forêt nourricière de 25ans, près de 500 espèces végétales se côtoient sur un hectare. Pour les amateurs d’oiseaux, près de 130 espèces ont été répertoriées sur la ferme lors d’un inventaire de la Plymouth State University en février 2016, impressionnant pour une ferme!


Ceiba Pentandra

Les professeurs invités, Albert Bates, Marisha Auerbach, Koreen Brennan et Christopher Nesbitt, ont fait leurs dents sur plusieurs projets agricoles en milieux tempérés et tropicaux touchant des sujets diversifiés d’architectures, de gestion des déchets et de l’eau, de la fertilité des sols, du jardinage, des grandes cultures, mais aussi des éléments plus techniques comme le Biochar et les énergies renouvelables. Le cours intensif de 12 jours comprenait des cours magistraux, des groupes de discussions, des visites de sites agricoles et de constructions écologiques ainsi qu’un projet de design en équipe. J’ai apprécié travailler avec une majorité d’étudiants locaux. Ça m’a permis de mieux connaître les perspectives locales de développements ainsi que les problématiques associées.

En conclusion, ce cours en permaculture m’a permis de faire le pont entre mes connaissances en agroforesterie et en développement durable intégré. Cette vision peut sembler difficile à appliquer lorsqu’il y a des législations importantes sur les terres agricoles. Cependant, dans le cas des petits producteurs familiaux dans les pays en développements, les législations sont souvent à définir. Les principes de la permaculture pourraient résoudre bien des problèmes de gestion et d’approvisionnement.


22 février 2016

Le CEF était présent au 14e Congrès forestier Mondial de Durban en Afrique du Sud
Texte et photos par Etienne Yusufu Kachaka
Le 14e congrès forestier mondial s’est tenu du 7 au 11 septembre 2015 à Durban en Afrique du Sud. Cet évènement qui a lieu tous les 6 ans, s’est pour la première fois de son histoire déroulé en Afrique sous le thème « Les forêts et les peuples : investir dans un avenir durable ».

Près de 3 000 participants venus du monde entier étaient présents pour discuter de la place actuelle de la foresterie dans le développement durable. Des membres de gouvernements, des scientifiques, des membres d’ONG, des représentants de sociétés privées, des personnes impliquées dans la gestion des forêts ou tout simplement celles se sentant concernées par les enjeux forestiers actuels y ont pris part. Le Congrès forestier mondial est sans aucun doute l’évènement majeur en foresterie de l’année 2015. L’opportunité pour moi d’y avoir présenté les résultats de mon travail de maîtrise en agroforesterie de l’Université Laval (2014) a été une très belle expérience. Deux posters y ont été présentés. Le premier était celui du Programme Élargi en Gestion des Ressources Naturelles dans le Bassin du Congo (PEFOGRN-BC/ Université Laval), présenté par mon directeur, le Professeur Damase Khasa, ainsi que le mien sur les essais de provenances d’Acacia mangium en République démocratique du Congo. Tout s’est merveilleusement bien passé.

Je tiens à remercier sincèrement le CEF ainsi que le laboratoire du Professeur Damase Khasa pour le financement de ma participation au Congrès. Je remercie également ma directrice, Professeure Alison Munson ainsi que Vincent Poirier pour leur aide dans la réalisation du poster.


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15 au 26 août 2016, FERLD

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